廢水處理的微生物種類繁多，根據微生物對營養要求、所需能源、受氫體的不同，可將微生物分為不同的特定種類。

1、 根據微生物對營養物質要求(所需碳源形式)的不同，可將其分為自養菌和異養菌

a.  自養菌，能利用無機碳源，即CO2或HCO，作為自身生長所需的唯一碳源的微生物;

b.異養菌，只能利用有機化合物中的碳(如葡萄糖中的碳)而獲得自身生長所需碳源的微生物。

2、根據微生物對所需能源的不同，可將其分為光營養型和化能營養型:

a.光營養型，即利用光作為能源的微生物;

b.化能營養型，即利用氧化-還原反應提供能源的微生物?；軤I養型還可以按照被氧化的化合物(即電子給予體)的類型進一步分為化能異養菌和化能自養菌。化能異養菌是利用復雜有機物分子作為電子給予體的微生物，而化能自養菌則是利用簡單的無機物分子如二氧化碳、硫化氫、氨作為電子給予體的微生物。

3、根據微生物代謝過程對氧的要求不同，可將其分為好氧微生物、厭氧微生物和兼性微生物。

a.好氧微生物在代謝過程中需要分子氧參與，如果分子氧不足，降解過程就會因為沒有受氫體而不能進行，微生物的正常生長規律就會受到影響，甚至被破壞。

b.厭氧微生物在代謝過程中不需要分子氧參與，當有氧氣存在時，它們就無法生長。這是因為在有氧存在的環境中，厭氧微生物在代謝過程中由脫氫酶活化的氫將與氧結合形成H2O2，而其又缺乏分解H?O2的酶，從而形成H2O2積累，對微生物細胞產生毒害作用。  

c.兼性微生物，在代謝過程中，有或無分子氧參與，反應都能進行。

通常情況下，細菌細胞內含有約80%的水，其余20%為干物質。這些干物質中，有機物約占90%，無機物占10%。有機物中碳元素約占53.1%、氧28.3%、氮12.4%、氫62%，所以細胞的實驗式常可以寫為C5HO2N(好氧菌)、C;HgNO3(厭氧菌)，若考慮有機部分中的微量磷元素，則為CH87O23N2P。無機物中磷元素約占50%、硫 15%、鈉11%、鈣9%、鎂8%、鉀6%、鐵1%。