眾所周知，任何事物都不是完好無缺的，厭氧法也是如此，盡管它有很多比好氧法好的方面，但總有不足之處，現介紹如下

(1）對有毒物質敏感

厭氧法對有毒物質非常敏感，這一缺點是導致反應器運行條件惡化的主要原因，因此要特別注意了解有難廢水中有毒物質的性質，還要注意處理時操作方法也要得當。但隨著人們對這一問題的重視，人們漸漸加強了對有毒物質的種類、毒性物質的允許濃度和可馴化性的了解，并在工藝上做了改進，慢慢克服了厭氧生物處理技的這一缺點。并且，人們發現對厭氧細菌的馴化可以在很大程度上提高其對有毒性物質的耐受能力。

(2）啟動過程緩慢

俗話說得好："萬事開頭難"，厭氧生物處理技術其反應器在初次啟動時過程很緩慢，通常需要8~12個星期。造成這一不足的原因是多方面的，比如說厭氧微生物增殖較慢，污泥生長緩慢等。但也正是這個原因使得在處理過程中產生的剩余污泥較少。由于厭氧污泥具有可長期保存這一特性，只要祝制適宜環境，便可將保存的厭氧污泥直接用于新建的厭氧處理系統進行污泥接種，這樣反應器啟動慢的問題便可解決了。

(3）有機物去除不徹底

法雖然負荷高，但其處理有機物時仍無法將有機物徹底去除。而且經厭氧反應后出水 COD 濃度高于好氧處理。因此，單獨采用厭氧生物處理廢水無法達到預期的排放標準，所以仍需要后續處理（如好氧處理）才能達到較高的排放標準。

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